Description héraldique : D’azur au soleil rayonnant d’or, à trois crosses de gueules formant un Chrisme, sur le tout.
« Pour vous qui craignez mon Nom, le soleil de justice brillera, avec la guérison dans ses rayons » (Ml 3, 20). La source de la justice dans l’Église, c’est le Christ Jésus lui-même qui affirme « je suis la lumière du monde. Qui me suit ne marchera pas dans les ténèbres, mais aura la lumière de la vie » (Jn 8, 12). Aussi, l’enjeu de la recherche de la Justice est en premier lieu la fidélité au Christ et à son Évangile. Le soleil de Justice illumine le sceau du Tribunal, et les trois crosses, formant un chrisme, nous mettent devant les yeux cet impératif de la fidélité au Christ et à l’Évangile, par la Justice et la Vérité.
En sa Constitution Pascite Gregem, le pape François rappelle que l’exercice du droit pénal relève de la responsabilité de chaque évêque, parce que « la charité et la miséricorde exigent qu’un Père s’engage aussi à redresser ce qui est parfois tordu ». L’exigence de la charité du pasteur qui a la charge du troupeau est marquée par la crosse de gueules (rouge), parce que c’est la charité dans la vérité, qui doit conduire l’exercice de ce pouvoir, parce que « la vérité vous rendra libres » (Jn 8, 32).
Les trois crosses soulignent le fait que le tribunal pénal national est interdiocésain, c’est-à-dire que la responsabilité de chaque évêque diocésain de France y est engagée.
Les trois crosses rappellent encore qu’il s’agit d’une exigence de charité, de vérité et de justice, d’une part, et d’autre part que l’Église et la Communauté chrétienne, les victimes et le délinquant lui-même sont l’objet de cette exigence. En effet ce sont les « trois fins qui rendent nécessaire [le droit pénal] dans la communauté ecclésiale, à savoir le rétablissement des exigences de la justice, l’amendement du coupable et la réparation des scandales » (cf. Pascite Gregem).
L’ensemble du sceau et de ses éléments repose sur un fond d’azur, parce que la loi suprême dans l’Église est le salut des âmes, selon la devise adoptée par le Tribunal pénal canonique national, reprise du code de droit canonique.